Ως προπονητής, έχει εργαστεί κατά βάση σε γαλλικές ομάδες, αλλά και στην Σεσίς από την Λετονία και την Έσπερανς από τη Τυνησία.
Η προπονητική του καριέρα ξεκίνησε το 2001-02 στην γαλλική, Beauvais Oise UC, στην οποία έμεινε μέχρι το 2006.
Οι σεζόν 2007-08 και 2008-09 τον βρήκαν εκτός Γαλλίας, και πιο συγκεκριμένα στην λετονική, Σεσίς και στην Έσπερανς από την Τυνησία, με την οποία μάλιστα κατέκτησε και το πρωτάθλημα.
Η επιστροφή στο γαλλικό πρωτάθλημα, ήρθε τη σεζόν 2009-10 και συνεχίστηκε μέχρι την σεζόν 2016-17, με τον Γαλλοσέρβο προπονητή να είναι στις Κλερμόν και Ρεν.
Σε επίπεδο εθνικών ομάδων, ο Nikola Matijsasevic έχει κάτσει στους πάγκους της Εθνικής Μαυροβούνιου, της Εθνικής Βοσνίας και της Εθνικής Σκοπίων.
Καλώς ήρθες coach!», αναφέρει η ανακοίνωση του ΠΑΟΚ.